【摘 要】
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本研究以以世界珍稀孑遗植物水杉为材料,利用ROCHE-454 GLX高通量测序平台获得水杉部分基因组序列,经序列拼接和微卫星序列查找,共获得1965个重复单元长度为2～5碱基的微卫星.
【机 构】
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湖北省林业科学研究院 武汉430075
【出 处】
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中国林学会林木遗传育种分会第七届全国林木遗传育种学术大会
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本研究以以世界珍稀孑遗植物水杉为材料,利用ROCHE-454 GLX高通量测序平台获得水杉部分基因组序列,经序列拼接和微卫星序列查找,共获得1965个重复单元长度为2～5碱基的微卫星.对这些微卫星序列分析发现,在水杉基因组中,重复单元长度为四核苷酸的微卫星最为丰富,占总数的38.8％,其次为二核苷酸(31.8％),三核苷酸(22％)和五核苷酸(7.4％).在二核苷酸重复类型中,AG序列数量最多,占总重复序列的13.9％,占二核苷酸重复类型的43.8％.在8种三核苷酸重复类型中,AAG序列最多,占总重复序列的8.3％,占三核苷酸重复类型的37.7％,其次为ATG (23.1％)、AAC(16.7％)和AAT (13.0％).对不同长度重复单元的微卫星进行分析,结果表明,二核苷酸重复微卫星长度变异类型最丰富,有23种不同长度的重复类型,其次是四核苷酸重复(10种)、三核苷酸重复(8种),变异类型最少的是五核苷酸重复(3种).标记验证结果表明,在140对引物中,有87对引物有清晰产物,占总数62.14％,其中有46对引物检测出多态性,占总数的32.86％.
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