幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)是一种寄居于人体胃部的致病菌,与胃炎、胃溃疡、胃癌等消化道疾病的发生密切相关。随着新一代基因组测序技术的快速发展,国际上越来越多的HP基因组序列被测定,人们对这一伴随人类数万年的病原体的遗传和进化特征的认识也更加深入。本研究分析了我国不同地域不同疾病分离的10株HP的基因组序列,并整合公共数据库中其他地域的HP基因组数据,首次从多基因组水平角度利用比较基因组和生物信息学方法获得了我国HP的基因组特征,核心基因为1203个。菌株特异基因为19-32个,这些基因可能与我国HP在不同地域、不同疾病宿主中的适应性进化有关。基因组变异较大区域主要集中在编码限制修饰系统的基因和编码四型分泌系统的基因。基于核心基因组SNPs的种群分析确定我国菌株均属于hpEastAsia群,hspEAsia亚群,且不同省份不同地域菌株具有地域聚集性特点。本研究在3株中国HP基因组序列中发现了前噬菌体序列,携带噬菌体组装所需的必要元件。本研究结果为深入挖掘我国不同地域不同疾病相关HP的遗传特征差异提供了基础数据信息,为进一步筛选疾病相关HP分子标识及研究噬菌体在HP进化与致病中的作用机制奠定基础。