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对西藏自治区山荆子集中分布的6个地区（林芝、米林、工布、朗县、波密、昌都）进行取样,采用SRAP标记对山荆子天然群体遗传多样性和遗传结构进行分析,从地理居群,海拔高度,引物类型角度对其遗传多样性水平和分化程度进行评价,以期为西藏山荆子的科学保护及合理开发利用提供依据。根据天然居群的规模,按照均匀分布,随机采样的原则,在每个采样点选择20～24个样本,单株间距在50 m以上,采摘其健康幼嫩叶片,用变色硅胶迅速干燥,带回实验室,常温保存备用。叶片基因组DNA提取采用CTAB法。PCR反应体系为2×Es Taq Master Mix（含染料）10.0μL,5pmol·μL-1上、下游引物各1.0μL,25 ng·μL-1模板1μL,加ddH2O至20μL。PCR扩增程序为94℃5 min;94℃30 s,35℃1 min,72℃1 min,5个循环;94℃30 s,50℃30 s,72℃1 min,35个循环;72℃5 min,4℃保存。PCR产物采用6%变性聚丙烯酰胺的凝胶银染检测。用POPGENE version 1.32软件计算遗传多样性参数,NTSYS pc version 2.10软件进行UPGMA（非加权组平均法）聚类分析和基于Nei’s遗传距离的组群间的聚类分析。从100对SRAP引物中筛选出17对扩增条带丰富、信号强的引物进行SRAP扩增,17对引物共扩增出167条带,其中137条是多态性带,多态性条带百分率达85.06%,显示出较高的多态性,引物Me7/Em6、Me2/Em6和Me3/Em2扩增出的位点全部为多态性位点,其中Me7/Em6多态性最高,多态性条带达到17条。西藏山荆子群体遗传变异主要存在群体内,占总变异的87.1%,而群体间仅占22.9%,呈现低水平的种群间遗传变异和高水平种群内遗传变异。6个居群间的基因流为1.24,种群间存在温和稳健的基因流。聚类分析结果显示,在Nei’s遗传距离0.026处,6个群体分为了3类,第1类包括林芝群体、朗县群体和工布群体;第2类包括米林群体和昌都群体;第3类为波密群体。Mantel矩阵相关性检测显示,遗传聚类和地理距离的相关未达显著水平。本研究表明,波密居群的遗传多样性最丰富,故在制定西藏山荆子原地和异地种质保护计划时应优先考虑波密群体;引起西藏山荆子野生居群分化的主要原因是生境选择压力和地理隔离。