解淀粉芽胞杆菌(Bacillusamyloliquefaciens)是典型的生防菌,能够产生大量的具有抑制植物病原真菌和细菌的活性物质,其中包括聚酮化合物和脂肽类等次级代谢天然产物,在现代农业中有着极其广泛的应用前景。本课题组为进一步研究解淀粉芽胞杆菌HAB-2的代谢机理,深入探明其抑菌机制,进而为今后对该菌株进行改造提供理论基础,因此利用重测序等手段比对了HAB-2菌株与模式菌株FZB42基因组,并且通过构建TruSeq DNA文库,利用Illumina平台进行全基因组重测序,利用BWA比对Clean Reads,利用SamTools统计比对结果;利用突变分析软件GATK检测单核苷酸多态性位点(SNP)和插入缺失位点(InDel),通过染色体结构变异分析软件DELLY检测潜在的结构变异位点(SV);使用ANNOVAR软件对多态性信息进行注释。我们发现:共获得687.4万对reads,在参考模式菌株FZB42基因组上比对片段配对率为77.3%,覆盖率为95.4%;检测到52 784个SNP,存在1757个InDel,529个SV;注释功能涉及次级代谢产物的合成、转运和代谢,氨基酸的转运、合成和代谢,ATP的产生与转换,信号传导机制,DNA模板复制和转录调控等。其中SNP、InDel、SV标记次级代谢产物的基因分别有50个、24个、2个,涉及的次级代谢产物包括Surfactin、Macrolactin、Bacillaene、BacillomycinD、Difficidin、Bacillibactin、Lantibiotic、Bacteriocin subtilosin、Fengycin、Bacillolysin等。综上所述,同一个种的芽胞杆菌基因组存在巨大的遗传差异,并且这些差异可能与预期表型差异相互对应,因此对芽胞杆菌差异基因的研究可以为今后研究芽胞杆菌的基因组的遗传进化以及差异基因结构功能提供理论基础。