量子力学/分子力学组合方法及其在生物酶降解领域的应用

来源 :第七届全国环境化学学术大会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lintso1101
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氯酚是一类具有毒性并且在环境中具有持久性的有机污染物,对其危害的认识和生物降解的研究近年来得到了广泛的关注。虽然现在已经对氯酚类污染物的降解有了初步认识,然而具体的反应机理还有待进一步的研究。本文使用QM/MM方法研究了氯酚加单氧酶(TftD)催化降解2,4,5-三氯苯酚以及2,4,6-三氯苯酚的反应降解机理,得到了反应势能剖面,探讨了反应过程的速控步,研究了活性位点部位第二壳层氨基酸对速控步的影响。计算结果显示,氯酚加单氧酶降解2,4,5-三氯苯酚的速率略高于降解2,4,6-三氯苯酚,降解过程中速控步的能垒分别为16.3 kcal/mol和19.4 kcal/mol,与实验得到的kcat值(0.67 s-1和0.41 s-1)符合的较好。在探讨的11个氨基酸中,His105,Gln251以及Arg366阻碍速控步反应,在不考虑突变失活的情况下,进一步突变这三个氨基酸将能提升酶的催化降解效率。
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