【摘 要】
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由于对计算量的需求,分子模拟在研究溶液中生物分子的结构和动力学性质中仍具有较大局限性。在这个报告中,我们将讨论近年来在增强抽样方法发展方面的一些工作,特别是这
【机 构】
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北京大学化学与分子工程学院理论与计算化学研究所,北京,100871
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由于对计算量的需求,分子模拟在研究溶液中生物分子的结构和动力学性质中仍具有较大局限性。在这个报告中,我们将讨论近年来在增强抽样方法发展方面的一些工作,特别是这些方法在蛋白质折叠以及DNA 构象变化等研究中的应用。例如,在蛋白质折叠的计算中我们定量分析了多肽链结构形成中的氨基酸序列对折叠势能面的影响,发现β-转折和邻近氨基酸的疏水性对氢键的形成机制具有重要影响。我们也研究了溶液环境包括共溶剂与无机盐等共溶质对蛋白质结构的影响以及相关的分子机理。例如,NaI 是蛋白质多肽链BBA5 的变性剂,而Na2SO3 则是其保护剂。同样,不同的醇类分子对蛋白质多肽链的结构也有不同的影响：甲醇和三氟乙醇破坏蛋白结构而乙二醇与甘油具有相反的作用。
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