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本文阐述了基于复杂系统熵方法的疫病防治用药规律研究的思路，包括疫病方剂数据库的设计和建立、数学建模和数据筛选、专家判断和规律总结三个步骤。在此基础上，以流感和肺痨为例，应用复杂系统熵方法对抗流感的中成药组方规律和肺痨方剂的用药规律进行了研究，得到了相应的常用药物、药物之间的关联系数、核心组合等，为进一步防控甲型H1N1流感、肺结核及相关药物筛选提供了参考和依据。从而指出，建立防治疫病的方药数据库，应用复杂系统熵方法进行数据挖掘，总结用药规律，可以为中药快速应对突发传染病提供信息支撑，为中药早期防治疫病提供快速反应能力。