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甑皮岩遗址的地理位置和特殊地质结构增添了遗址的保护工作的复杂性。遗址地下水对遗址产生过危害,但又是遗址文化遗物得以保存的有利因素。遗址底面的岩溶空洞需要填堵,却不宜帷幕灌浆阻断流水而过多改变原有的保存环境。利用洞顶的岩溶滴水雾状喷洒遗址,有利于土壤胶结,或许是防治遗址土壤风化的新思路。埋藏实验能了解现有环境产生的溶蚀和沉积对遗址中文化遗物的影响,遗址地表霉斑主要是影响观瞻,清除遗址土壤中的植物根系至关重要。