高温胁迫严重影响华南地区黄瓜产量和质量。为筛选黄瓜耐热重要基因和分子机制,本研究选取了两份耐热(14)和热敏(02)黄瓜自交系材料,进行高温胁迫(43℃)处理3天和6天,分析了植株表型、光合系统、根部细胞和活性氧荧光观察和转录组分析。生理结果表明:热敏材料(02)高温处理后,表现出植株死亡,光合系统不稳定,根部死亡细胞增加,活性氧增加,而耐材料表现平稳。转录组差异表达基因GO分析显示共上调基因是响应刺激,响应胁迫,响应热胁迫类基因;共下调基因是代谢过程,生长发育,脂类合成类基因。在耐热材料14中特异性表达基因为蛋白修饰,DNA修复,激素信号途径,响应胁迫类基因,而这类基因在热敏材料02中下调。差异表达转录因子分析发现bZIP家族基因大多上调表达,而NAC转录因子家族基因大多下调表达,部分WRKY家族基因在耐热材料14中上调而在热敏材料02中下调表达。KNOX 1家族基因高温后在14中上调表达早于02,初步功能分析发现拟南芥knox1突变体耐热能力下降。在14中生长素途径基因差异表达,生长素合成基因CsYUC8上调1400多倍,并发现生长素能提升黄瓜幼苗的耐热能力。互作网络模型显示转录因子,激素与响应高温过程基因存在复杂的互作关系。结果表明,转录因子和激素与耐热机制诱导有关,而其中KNOX1和CsYUC8功能研究有助于深入解析黄瓜耐热机制。