目的：对埃可病毒6型(ECH06)福建龙岩分离株进行分子生物学分析，阐明ECH06病毒福建龙岩分离株的分子生学特征及其与世界其它分离株的基因关系。方法：于2010年5月福建省龙岩市长汀县儿童病毒性脑炎暴发期间，采用RD细胞从病例脑脊液标本中分离病毒，对阳性分离物采用中和试验确定其血清型别；选取4株ECH06福建龙岩株病毒，测定VPl完整编码区序列，与GenBank上已发表的ECH06病毒VPl进行同源性分析并构建VPI区全基因亲缘进化树。结果：从20份脑脊液标本分离到的13株ECH06病毒。4株病毒株VPl区中除1株长866bp外，其他病毒株长867bp。4个病毒株之间同源性>99％。由VPl核苷酸序列同源矩阵分析发现4个病毒株均与山东病毒株6／SD／sewage／081226／2-2同源性最高。遗传进化树分析，4株分离病毒株在进化树上同属一个分支，均属于C2亚型。结论：ECH06是引起本次福建省龙岩市长汀县儿童病毒性脑炎暴发的病原体，其基因型为C2亚型。