窦默曾从师于山东滕县名医李浩，写成了《针经指南》这部不朽著作。《针经指南》1卷，首载《针经标幽赋》、《流注通玄指要赋》，后列《流注八穴》及《手指补泻》等内容。该书从临床实际出发，对穴位、针刺方法、得气、针灸宜忌等方面，作了深入的阐发。全书字数不多，但内容丰富。充分体现了窦氏学术思想与特色针法。窦默特色针法体现在其临证重视经络，偏爱使用毫针，其认为毫针虽细，针不过一寸六分，然包含玄机妙理甚多，且治疗范围广泛，可平五脏之寒热，能调六腑之虚实，几乎无疾不医。取穴重视特定穴，倡导使用流注八穴，“流注八穴”即八脉八穴，亦奇经八脉交会穴。临床应用流注八穴方面，倡导先刺主证之穴，若病不已，再取与其相应合的穴位。进针后停针待气，使气机上下贯通，以提高疗效。后世应用，在八穴的基础上，根据文王后天八卦，提出了“飞腾八法”与“灵龟八法”的按时取穴方法，至今仍被临床所沿用。针刺时强调治神，窦氏认为针刺前需注意使病患安神定志，配合治疗。同时窦氏注重气至，强调针下手感，窦氏认为“气至”影响针刺效果。气速至而效速，气迟至而不治。通过气至情况还可以判断疾病的预后。针刺时进针重视押手，主张双手进针，提出针刺十四法动、摇、进、退、搓、盘、弹、捻、循、摄、按、爪、切、扪的具体操作。善用综合补泻法，并创寒热补泻法，后世基于寒热补泻发展出“烧山火”“透天凉”等手法，对后世影响巨大。