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根据GenBank中公布的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5’-UTR保守区基因序列，设计特异性引物，采用逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)检测方法对采自新疆石河子、玛纳斯.喀什，等7个地区、14个奶牛场的274份牛粪样品进行核酸检测及测序.结果：BVDV阳性率为18.61％(51/274)，北疆地区阳性率为21.34％(51/239)，南疆地区未检测出病原.其中有23对母子对应样品，母牛阳性率为39.13％(9/23)，犊牛阳性率为30.43％(7/23).35头牛表现临床症状，阳性率为45.71％(16/35)，其余为临床健康牛，阳性率为17.16％(35/204).测序得到16条不同的序列，经5-UTR序列核苷酸同源性比较和系统发生分析表明，所有序列与已知BVDV I核苷酸同源性最高，达96.2％-100％，主要为BVDV I a和BVDV I b基因亚型.结果提示新疆主要集约化奶牛养殖区BVDV感染率较高，普遍存在隐性感染，且垂直感染较严重.基因型主要以BVDV-1a和BVDV-1b亚型为主，序列变异较小，主要流行的基因型没有明显的地域间差异.本研究为以后的流行病学研究和疫苗应用等防制措施提供了依据.