【摘 要】
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目前,理论计算对于生物酶催化反应机理的研究已经比较成熟,有很多用B3LYP 方法计算酶反应机理的成功例子,做出了很多贡献,在精度允许的范围内跟实验比较吻合。但对于某些
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目前,理论计算对于生物酶催化反应机理的研究已经比较成熟,有很多用B3LYP 方法计算酶反应机理的成功例子,做出了很多贡献,在精度允许的范围内跟实验比较吻合。但对于某些体系来说,B3LYP 方法会存在比较大的误差,比如di-copper complex,cobalamin 依赖酶。近期的研究发现,这些误差主要是B3LYP 方法缺失了范德华力造成的[1,2]。本文对异天冬氨酰二肽酶(IAD,一种双锌金属小解酶)的催化机理的进行研究,发现其中Asp285 辅助质子迁移步骤是决速步,并且该步骤的范德华力效应很大(～10 kcal/mol)。如果缺失了范德华力校正,将会影响对IAD 机理的正确评判。
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