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通过14对引物的PCR扩增,克隆,测序及拼接,获得东北梅花鹿线粒体全基因组序列,并分析了其基因组成特点和各基因的定位.结果表明:东北梅花鹿线粒体基因组全长为16435bp.包括22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和2个非编码区(WANCY区和D-loop区).东北梅花鹿与其他哺乳动物线粒体基因组结构相同,除了D-LOOP区以外,线粒体其他基因与其他哺乳动物的的序列同源性较高.系统进化关系分析显示中国梅花鹿与日本梅花鹿的亲缘关系较近,而与日本北部种群较远.