目的 分析不同地区恒河猴粪便微生物组成及特性，了解恒河猴肠道微生物在与宿主的共进化过程中的作用，以及其与宿主食物偏好、地区差异之间的关系，分析其对宿主的影响。方法 用16SrRNA V6高变区高通量测序的方法获得恒河猴粪便微生物组成，用生物信息学技术分析不同地区微生物组成差异。结果 厚壁菌(Firmicutes)在恒河猴肠道菌群中丰度最高，接下来依次是变形菌(Proteobacteria)、梭杆菌(Fusobacteria)、放线菌(Actinobacteria)、纤维杆菌(Fibrobacteres)、无壁菌(Tenericutes)和蓝藻菌(Cyanobacteria)等。广西、福建两地的恒河猴肠道微生物较北京、河南地区的恒河猴种类丰富。健康成年人粪便样本中检测到纤维杆菌(Fibrobacteres)，而恒河猴粪便中不存在纤维杆菌。结论 中国不同地区恒河猴肠道菌群存在明显的地域差异，这种差异源于饮食偏好，并受环境生态影响。研究结果对于调整恒河猴的生态环境，促进实验用恒河猴的健康和均一性具有重要帮助。