湖泊流域是人和生物圈营养循环与物质迁移的主要通道之一。但持续而剧烈的人类活动已经使湖泊生态系统健康遭到严重损害，主要表现为湖泊富营养化，导致湖泊流域生态系统服务功能及其对人类福祉迅速衰退。然而，我国现行的水环境功能区划和水功能区划又难以满足恢复湖泊流域生态系统健康的需求。因此，在我国系统开展湖泊流域水生态功能区划研究就显得十分迫切和重要。基于流域生态学、尺度效应、地域分异规律、生态系统健康与生态完整性等理论基础，本文界定了区划的概念与内涵，并指出湖泊富营养化是其流域水生态过程物流能流的基本特征，土地利用/覆被变化是驱动湖泊富营养化的景观因子。本文以滇池流域为例，通过流域水生态现状调查与历史趋势分析，界定流域各子流域的边界与级别，评估流域水生态健康问题，明确流域自然系统和人类社会的需求功能，以此提出基于富营养化控制的区划指标体系，并最终实现了滇池流域水生态功能一级分区。