分别从学籍管理、信息备份、选课管理、信息安全等方面对在职工程硕士综合管理信息系统存在的问题进行了详细分析，提出教育管理信息系统需要完善预警系统，对于临近超出培养期限的学员，要适时给予提醒，平时定期进行数据备份，以防网络数据丢失、损坏;要重视信息安全工作，重点保护在网络上己经存储了的数据安全，以防不法分子对软件破坏，从而通过非法途径获取教育信息系统中的数据，并指出教育管理网络信息化使得研究生教育管理进入了一个完全崭新的阶段。在职工程硕士综合管理信息系统是一个系统性、长期性的工程，需要循序渐进的开发和完善，无论从技术上、规章制度上、管理人员配置上，都需要随之进行变化和改进。各高校只有从自身出发，结合在职工程硕士的工学结合的特点，不断探索、思考，通过现行教育管理信息系统中出现的问题，改进管理的方式，提高管理的水平，从而推动在职工程硕士培养质量的进步。