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探讨分子水平构建核心种质的方法，为新疆野苹果核心种质的构建提供方法。以109个新疆野苹果实生株系的128个SSR位点为资料，根据Nei&Li、sM和Jaccard遗传距离，采用UPGMA聚类法进行多次聚类，以随机取样策略为对照取样策略，提出了位点优先取样策略构建新疆野苹果核心种质的方法。采用丢失的等位基因数以及对Neis基因多样度和香农信息指数进行t检验来评价核心种质的代表性。结果表明：同对照随机取样策略比较，位点优先取样策略能构建一个更有代表性的核心种质。SM、Jaccard和Nei&Li遗传距离构建的新疆野苹果核心种质无明显区别。采用SRAP数据分析显示位点优先取样策略是一种较好的构建新疆野苹果核心种质的方法。采用位点优先法，根据SM、Jaccard或Nei&Li遗传距离进行多次聚类，选取25个样品构建的核心种质，是构建新疆野苹果较合适的方法。