福建省微生物研究所创建于1955年,是我国成立较早的微生物药物重点研究机构之一,历经近六十年的发展,在小单孢菌等稀有放线菌研究以及微生物来源的免疫抑制剂药物等方面形成了自身的研究特色。近年来,福微所积极承担国家科研计划,先后承担和参与4项科技部"重大新药创制"课题,2项福建省重大科技专项专题,50余项省级科研项目。2011年研究所荣获科技部"十一五"国家科技计划执行优秀团队奖。免疫抑制剂领域:继环孢素、雷帕霉素之后,霉酚酸酯、他克莫司先后获得国家药品注册批件和胶囊制剂临床批件,雷帕霉素、他克莫司菌种发酵水平和原料药质量方面取得显著突破,子囊霉素、吡美莫司、咪唑立宾等免疫抑制剂品种研究进展顺利。多个免疫抑制剂品种在下属福建科瑞药业有限公司成功实现产业化,原料药出口欧美市场;mTOR抑制剂药物领域:在雷帕霉素成功研究的基础上,开展新衍生物在抗肿瘤等方面的研究,通过化学半合成、微生物转化、生物合成改造等技术,获得包括目前国外已在临床应用或具有重要应用前景的替西罗莫司(Temsirolimus,CCI-779)、依维莫司(Everolimus,RAD001)、Biolimus A9、Zotarolimus和Ridaforolimus(AP23573)在内的西罗莫司衍生物65个,开展免疫抑制、抗肿瘤、治疗阿尔茨海默病及延长秀丽隐杆线虫寿命的研究,已获得多个有"苗头"的新化合物;药用微生物资源与新药筛选领域:以"九五"期间科技部支持建立的国家新药(微生物)筛选实验室【福建】为基础,继续加强药用微生物资源和创新药物研究,目前药用微生物资源库已分离保藏各类稀有放线菌和海洋微生物14000多株,保藏的放线菌涵盖放线菌目12个科30多个属,其中大多数为稀有放线菌,为微生物新药筛选奠定了坚实基础。为中国微生物菌种资源平台整理提供1000余株菌株,并在中国药用微生物资源网等公共服务网站上实现资源共享,为企事业单位提供菌株服务500余株。采用活性筛选和合成基因定向筛选技术,完成微生物药物筛选120000样次。获得了数十个具有不同生物学活性的药物先导化合物;化学合成药物领域:以仿制药为重点积极拓展药物合成与半合成研究,目前在研主要品种:抗耐多药结核杆菌药物—富马酸贝达喹啉的原料药与片剂;抗癫痫药—盐酸噻加宾原料药及片剂的开发;乳腺癌治疗用药—氟维司群原料药;治疗小儿白血病药物—氯法拉滨原料药与注射剂;诊断肝癌部位的核磁共振含钆造影剂——钆塞酸二钠原料药及其注射剂;骨质疏松治疗药物——拉索昔芬原料药的开发;抗耐药菌药物——替加环素原料药的研究与开发,特应性皮炎(湿疹)治疗药物——吡美莫司的研发,其中富马酸贝达喹啉项目被列入2013年国家"重大新药创制"课题"创新抗耐药抗生素研制及重大品种的综合技术提升";药物制剂研发领域:作为研究所重点发展领域,与企业合作,重点围绕研究所相关药物品种开展制剂研究,特别是免疫抑制剂品种在治疗眼部疾病、皮肤病等自身免疫性疾病方面的新剂型研发。工业微生物遗传育种领域:利用研究所的技术优势,开展重要品种产生菌的诱变育种、遗传育种和发酵、提取纯化工艺研究,重点开展抗耐药菌抗生素达托霉素、替考拉宁,抗厌氧阴性菌艰难梭菌抗生素非达霉素,脂肪酶抑制剂利普斯他汀,抗肿瘤抗生素卡里奇霉素、艾坡霉素以及免疫抑制剂雷帕霉素、他克莫司等重要微生物药物品种的研究;保健品领域:开展益生菌、红曲等微生物活性保健食品的开发研究;平台建设:作为地方性科研机构,积极搭建服务地方企业和经济建设的研发平台,在国家财政部和福建省科技厅、发改委和经贸委等相关部门的支持下,筹建微生物应用技术研发平台、药品再评价研究服务平台、福建省微生物及化学制药行业技术开发基地和福建省微生物分析检测技术服务中心等,密切产学研协作,提升服务企业的能力。