目的：针对变形链球菌UA159中SMU.2055蛋白晶体结构进行靶向防龋小分子化合物的设计与筛选.方法：获取靶蛋白—变形链球菌SMU.2055蛋白的三维晶体结构(RCSB ID code rcsb057127；PDB ID code 3LD2)，利用Libdock、Autodock两种程序，通过虚拟筛选和精细对接方式，建立与靶蛋白结构相匹配的抑制剂虚拟模型.结果：根据3LD2的晶体结构，通过Libdock、Autodock两种程序进行对比对接打分函数比较，筛选出与靶蛋白结构匹配度最高的五个化合物.结论：该五个化合物可考虑作为靶蛋白的有效配体或药物.Libdock、Autodock两种程序能很好模拟蛋白-抑制剂的结合模式，为基于蛋白结构的防龋新药设计提供了新的理论和方法基础，具有重要的理论研究意义和实用价值.