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刺虾虎鱼是西太平洋沿岸的本地物种，为了准确了解浙江沿海刺虾虎鱼的物种多样性，本文采用线粒体COI基因片段序列研究浙江沿岸刺虾虎鱼物种的DNA条形码、多样性以及种间的系统关系，从获得的30个个体615bp的COI DNA序列中，检测出10个多态性核昔酸位点;单倍型多样性指数(Hd)为0.69;核昔酸多样性指数(π)为0.0033;根据Kimura双参数模型计算的遗传距离得知，刺虾虎鱼种内的遗传距离为0.002-0.013(平均值0.007 )，刺虾虎鱼属内种间遗传距离为0.158-0.217(平均值0.186)，属内种间的距离显著大于种内的距离(约27倍)。条形码结果显示，浙江沿海30个刺虾虎鱼样本共有7个单倍型，都属于斑尾刺虾虎。斑尾复虾虎和矛尾刺虾虎都为斑尾刺虾虎的同种异名。从贝叶斯系统关系上看，斑尾刺虾虎鱼与黄鳍刺虾虎鱼为姐妹物种。