【摘 要】
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Cysteine is one of the most intrinsically nucleophilic amino acids in proteins,where its reactivity is tuned to perform diverse biochemical functions.The discovery and characterization of cysteine wit
【机 构】
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College of Chemical and Molecular Engineering,Peking University,Beijing,China
【出 处】
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中国化学会第十届全国化学生物学学术会议
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Cysteine is one of the most intrinsically nucleophilic amino acids in proteins,where its reactivity is tuned to perform diverse biochemical functions.The discovery and characterization of cysteine with high reactivity will help to understand protein function in the post-genome era. Chemical proteomic methods have quantitatively profile cysteine reactivity in native proteome, however, the relationship between the cysteine reactivity and the protein sequence has not been systematically explored yet. After collecting informatian for both reactive and non-reactive cysteines as classified based on the chemoproteomic experiment data,we extracted features using an improved encoding method called CKSAAP+ and applied the Support Vector Machine(SVM) to examine the relationship between the cysteine reactivity and these sequence features.The governing features identified by SVM are then collectively utilized to predict reactivity of other cysteines in native proteome. With a standard training and testing benchmark, our result shows that out method can predict with the accuracy of 97%,precision of 93%, and the recall ratio of 69%.
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