基于中华猕猴桃EST序列的SSR引物开发

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从NCBI公共数据库中下载获得56400条中华猕猴桃EST序列,应用SSRHunter软件查找SSR重复序列,共获得7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条,三核苷酸重复1237条,四核苷酸重复284条,五核苷酸重复397条,六核苷酸重复890条,分别占总SSR的64.63%、15.58%、3.58%、5.00%和11.21%。在所分析的猕猴桃EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元是AG/CT。其次是三核苷酸重复和六核苷酸重复。应用Primer5.O设计了97对EST-SSR引物,在对模板、引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了适合的PCR反应体系,即Mg2+浓度为2.0 mM,dNTP浓度为0.25 mM,引物浓度为0.3μM,DNA用量为60ng/20μl,Taq DNA酶1U/20μ1。以‘漓江猕猴桃’DNA为模板,对所设计的引物进行筛选。在97对引物中,有77对引物能够扩增出清晰条带,有效扩增率为79.38%。在能扩增出条带的引物中随机选择20对引物对10个猕猴桃种类进行检测,结果发现有17对引物对所有材料都有扩增产物,扩增效率为85%,且有扩增产物的17对引物在所检测的10个猕猴桃种类间均能扩增出多态性。
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