随着社会经济与科技的发展，企业研发活动越来越呈现出市场化和外部化的特征，在市场和科技高度不确定的情况下，本文首先从市场和企业两个角度论证了研发合作创新联盟产生的必然性与必要性、研发联盟的类型以及研发联盟的特点。接着从研发联盟合作创新竞争与合作关系不断转变的角度将研发联盟合作创新划分为联盟组建、运行和竞合关系深化三个阶段，并对研发联盟三个阶段的合作创新冲突根源进行了深入分析。最后在差异化知识资源的学习与共享方式、研发联盟的组织与管理模式、联盟知识收益的分配与共享方法方面提出研发信息交流与共享组织制度的柔性、联盟企业不同层次人员之间的正式与非正式信息交流机制、第三方监督、联盟企业的升降级制度、研发人员的相互融合、研发知识收益的科学评估机制、联盟研发知识的期权收益、成立合资研发公司等是协调研发联盟合作创新冲突问题的有效策略。