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冷冻电镜是研究生物大分子结构的重要手段，本文研究了冷冻电镜技术的关键问题之一，重构三维密度数据的分析问题。我们研究设计了一个冷冻电镜重构数据的可视分析系统-VAT4M。VAT4M把体绘制引入该数据的可视化中，研究了基于GPU硬件加速的raycasting算法，帮助生物学家快速轻松的发现隐含的数据内涵。在数据分析处理方面，利用了病毒结构的特点，提出了自动分割算法和骨架搜索算法。最后给出了应用实例。