【摘 要】
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基于欧拉路径的拼接算法开辟了一条解决DNA序列拼接问题的新的途径,打破了遵循"重叠-排列-生成共有序列"方法的传统。本文举例说明了基于EULER路径的拼接算法和基于Hamilton
【机 构】
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国防科技大学计算机学院 长沙 410073
【出 处】
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2007年北京地区高校研究生学术交流会
论文部分内容阅读
基于欧拉路径的拼接算法开辟了一条解决DNA序列拼接问题的新的途径,打破了遵循"重叠-排列-生成共有序列"方法的传统。本文举例说明了基于EULER路径的拼接算法和基于Hamilton路径的拼接算法是怎样解决repeat问题的。在CJ、NM、LL基因组序列拼工程中,比较了EULER算法与Phrap、CAPS、TIGR算法的拼接结果,分析了它们各自的优缺点。由于EULER路径算法要求构造一个复杂的deBruijin图,因此用该算法拼接大规模全基因组存在存储瓶颈问题,该文对基于EULER路径的拼接算法进行了并行化探讨。
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