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轮枝镰刀菌能够引发玉米穗粒腐病严重影响玉米产量的同时产生威胁人畜安全的真菌毒素。对玉米抗轮枝镰刀穗粒腐分子机制和遗传基础的理解的有限给抗病分子育种带来一定困难。通过对接种前后抗病玉米自交系BT-1早期籽粒的转录组测序，我们发现一些关键过程中的基因与接水对照相比发生了显著的转录调控变化。进一步选取小热激蛋白及ABA、JA、SA、PTI信号途径的部分基因应用qPCR技术对RNA-seq的分析结果进行验证，发现其与转录组结果基本一致，表明这些过程参与了玉米对轮枝镰刀菌的抗性响应。这个发现为我们更好地理解玉米抗真菌过程和分子机制提供了新的线索。