人类口腔由一个复杂的微生物群构成，这个微生物群对宿主的口腔健康起着关键作用。宿主和微生物之间通过维持一种动态的平衡在口腔中共存。在健康个体中，这种平衡之所以被称为动态的平衡，是因为它随着宿主内部和外部因素的变化而变化。然而当这种平衡被破坏时，则会造成各种慢性口腔感染性疾病，比如牙周病，龋病。因此了解口腔微生物群的组成以及形成生态平衡的动力是极其重要的。菌群鉴定和定量技术的发展促进了人们对口腔微生物菌群分布的认识。近几年，新一代高通量测序技术的不断发展为人们研究口腔菌群及口腔疾病相关的微生物病因学因素探讨提供了新的视角。新一代技术的革新为研究口腔菌群及口腔疾病相关的微生物病因学因素探讨提供了新的视角。但目前采用高通量手段研究口腔菌群的相关报道多集中于健康人口腔菌群，尽管在认识菌群结构方面的进步是巨大的，但对于构成菌群的基因学组成我们知之甚少。本文对应用在口腔微生物群的鉴定和量化技术及新一代高通量测序技术进行了综述，以深入我们对口腔感染病原菌的了解并且为早期诊断和预防疾病提供帮助。