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市郊轨道交通的客流具有潮汐化、向心性的特点，从提高列车旅行速度、减少乘客出行时间出发，根据线路的长、短途客流特点和通过能力利用状况，选用合理的停站方案开行跨站列车，对优化列车运行组织，提高系统的服务水平和降低运营成本具有重要的意义。文章以运营公司社会经济利益最大化和旅客总出行时间最小化为目标，建立了跨站列车停站方案的多目标优化模型，并设计了蚁群算法对模型进行求解。同时本文研究了由于跨站列车开行所带来的越行问题，提出了越行站设置数量和位置的计算方法。最后结合算例验证了该模型和方法的有效性。