变性梯度凝胶电泳(DGGE)在微生物生态学研究中的应用日益广泛,在水体、土壤、空气等环境中,DGGE技术呈现了微生物群落多样性,从而获得微生物种群动态信息,并解决了传统方法的片面性,且在分析环境微生物群落多样性方面的应用迅速发展。本文从淡水生境角度,阐述了目前应用DGGE技术研究水域环境中各因子微生物群落结构的时空变化及关联。主要研究结果表明,浮游细菌的数量和生物量呈现季节变化的特征,且基因多样性成也呈现出随时间变化的趋势;大量的产微囊藻毒素(MC)基因类型在水华发生期间急速增加,最高mcy基因浓度出现在最高MC浓度之后;贫营养水体中附着于浮游动物的细菌比富营养化水体更能更加牢固的,生物膜上存在难以在水体中形成的优势种群细菌,能更好的抵御环境波动。微生物多样性是营养盐及环境物理、化学和生物等多方面共同作用的结果。鲢、鳙的不同个体肠含物获得序列存在很多交叉,这些都说明它们在食性上存在重叠。由于人类活动,使得水域环境日益恶化,利用微生物修复水域环境的方法越来越受重视,应用DGGE鉴定水域中微生物群落的优势种群,为利用微生物修复水质提供可靠的理论基础。