【摘 要】
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生物序列的拼接是生物信息学中常见的问题,其中phrap算法是目前最流行的拼接算法之一.然而phrap算法在处理大规模数据时的运算速度以及对内存的庞大需求,已经成为需要迫切解
【机 构】
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中国科学院计算技术研究所国家自然科学基金委员会
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生物序列的拼接是生物信息学中常见的问题,其中phrap算法是目前最流行的拼接算法之一.然而phrap算法在处理大规模数据时的运算速度以及对内存的庞大需求,已经成为需要迫切解决的问题.文章从提高算法的运行速度和降低内存的需求量入手,提出了一种并行phrap算法,并且在曙光3000高性能计算机上得到了实现,获得了较好的性能.
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