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调查表明，农业是产生氮磷流失和农药污染进而影响水质的最重要污染源，但近年流溪河两大水库流溪河水库和黄龙带水库的水质总体达到地表水Ⅰ类标准或Ⅱ类标准，这主要是由于流溪河水库集水区的农业生态保护良好，具有森林多(森林覆盖率82％)、农田少(占土地面积为3.76％)、人口稀(人口密度为73.9人.km-2)的特点，而且引导农民发展生态农业，推广无公害标准化生产，利用豆科养地作物，尽量减少化肥和农药施用，同时控制养殖业规模与推广生态养殖，发展生态旅游，控制农村生活垃圾和污水的不合理排放。流溪河水库集水区的农业生态保护的经验可供各地水源保护区借鉴。