【摘 要】
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高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是存储DNA数据被广泛使用的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效的节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算
【机 构】
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中国科学院软件研究所,并行软件与计算科学实验室,北京,100190
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高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是存储DNA数据被广泛使用的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效的节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算法进行并行,能提高压缩FASTQ格式的DNA数据的效率.本文基于Pthreads,并行了DSRC算法,测试结果表明,当使用4线程,加速比达到3.5.
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