目的:基于不同疾病模型动物基因芯片差异表达基因,分析同病异证的转录组特征. 方法:采用大鼠/小鼠标准化诊法与计量化辨证技术,对H22肝癌小鼠、SHR大鼠、GK大鼠辨证,筛选不同证候大鼠/小鼠,取下丘脑、垂体、肾上腺、甲状腺、胸腺、脾脏、睾丸、肿瘤、肾脏、胰腺等组织进行基因芯片检测,共140张芯片数据,将各证候芯片读数与正常组芯片读数比值差异1.5倍以上者定义为差异表达,分析同病异证的差异表达基因转录组特征. 结果与结论:(1)同病异证辨证分型越多、单证的特异性差异表达基因越少;差异倍数越大、差异表达基因数量越少,提示同病异证本质性差异小,而不同证候中蕴含的疾病共性可能更多.(2)差异表达基因的上调或下调,可能与证候的虚实属性有关,肝癌小鼠、SHR、GK大鼠上调基因偏多.(3)不同疾病下的同病异证有相应的脏腑定位,垂体、肾上腺、甲状腺可能与证候关系更加密切.(4)肝癌小鼠比SHR、GK大鼠差异表达基因多,提示采用外来因素复制的疾病模型动物比自发性遗传疾病模型动物证候差异更明显。