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针对基于立体视觉技术的自然树木枝干的三维重建过程中图像分割难度大、骨架提取效率低、二维骨架点的匹配不精确等问题，本文将阈值分析法与改进的种子点区域增长算法相结合，改善了图像分割效果;骨架提取方面，引入了起飞着陆算法，加速了骨架的提取;点匹配方面，在有向二叉树描述树木拓扑结构的基础上，再利用极线约束匹配，实现了枝干结点的自动匹配。并在此基础上实现了基于手持相机双视点图像的树干三维重建系统，实验结果验证了算法的实用性。