1995-2016年分子生药学已经发展成为了一门研究方向稳定、技术水平领先、理论思想创新、学术影响广泛、学科队伍合理的较为成熟的交叉学科.本文着重综述了分子生药学发展20年来,在生药分子鉴定、道地药材形成分子机制、植物分子系统与分子谱系地理学研究以及药用植物有效成分生物合成研究及其合成生物学研究四个方面取得的进展及其学科未来的热点发展方向，道地药材的化学组成有其独特的自适应特征，道地药材的道地性越明显，其基因特化越明显，逆境能促进道地药材的形成，理论研究与生药鉴定实际问题的结合更紧密，药用植物有效成分生物合成途径逐步得到解析，药用植物有效成分的合成调控研究多方面展开，合成生物学解析用于有效成分生物合成途径并转化微生物创建"细胞工厂"已卓见成效分子生药学作为生药学与分子生物学有机融合形成的新兴边缘学科。生药资源的可持续利用的需求与分子生物技术的优势的融合，最终决定着分子生药学研究的方向和热点。未来一段时间，分子生药学在生药分子鉴定、道地药材形成分子机制、植物分子系统与分子谱系地理学研究、药用植物有效成分生物合成研究及其合成生物学研究等原有的研究领域持续稳定发展。