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上海自然科学研究所是日本政府根据1923年经国会通过的《对支文化事业特别会计法》实施的对华文化事业----“东方文化事业”(亦称“对支文化事业”)的重要组成部分。东方文化事业是由外务省文化事业部主导管辖，以中国清政府支付给日本的庚子赔款作为基本资金。除了用于资助中国学生留学日本之外，上海的自然科学研究所、北京的人文科学研究所以及日本国内的东方文化学院等项目均属于该项事业。由于东方文化事业所涉及的项目数以及资金额之众多，使其执掌了日本二战前对外文化事业之牛耳。