科技创新已成为推动长江三角洲地区经济社会可持续发展的重要推力，高等教育作为地区科学研究和人才培养的重要力量，在推进地区科技发展和进步上也日益扮演着重要的角色。在构建科技创新与高等教育融合度系统评价指标体系的基础上，通过融合度分析模型来综合评价长江三角洲地区城市科技创新与高等教育之间的交互融合关系。研究发现：从时间来看，随着研究期内长三角城市科技创新能力和高等教育水平逐年提升，长三角城市科技创新与高等教育之间的融合度也不断的提升，但是仍然处于融合度较低的关系失调阶段；从空间来看，长三角各城市的科技创新与高等教育融合度主要分布在较高融合度、较低融合度和低融合度三个阶段，高融合度阶段没有城市分布，层级分明极化现象明显，而且大部分城市尚处于融合度差的阶段，不断提升这些城市的科教融合度显得十分必要。