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目的：了解特殊抗菌药物申请单在我院投入使用前后对临床用药产生的影响和应用情况、在使用中存在的问题，以及由此反映出我院在特殊使用抗菌药物的应用方面存在的不合理现象。方法：运用回顾性调查方法，对我院投入使用申请单后前三个月特殊抗菌药物的临床应用情况进行调查和统计分析，并比较申请单投入使用前后三个月特殊抗菌药物的用药金额、消耗数量等差异。结果：申请单投入使用后特殊抗菌药物的临床合理使用水平有显著提高；部分申请单填写不完整；给药方法不当；存在不符合处方权限的申请单。结论：我院特殊抗菌药物申请单在使用中存在不合理之处，需加强对特殊使用类抗菌药物合理应用的综合管理。