海洋微生物占海洋生物质的98％，并参与地球近二分之一的初级生产；同时，海洋微生物调节许多关键的生物地球化学循环过程，驱动整个地球的营养循环，并通过海洋生态系统和大气的相互作用，在调节全球气候变化方面也起着决定性作用。目前普遍认为，细菌和古菌支配着海洋的生物多样性和各种生物代谢活动，并通过微生物食物网把大量的初级生产物转化成可溶性的有机物质。因此，细菌和古菌同化有机物质的过程被认为是海洋营养循环的主要途径；但是海洋异养真核微生物(比如浮游真菌和类似真菌类的单细胞的原生生物(破囊壶菌))的作用却未得到足够重视。真菌在陆地生态系统中有着很重要的生态和生物地球化学功能，主要通过降解有机物质(尤其是植物碎屑)、碳氢化合物等参与碳及其他营养循环。人们早就知道异养的真核微生物广泛存在于近海、远海水域等不同的海洋生态系统中，并且也推测它们在海洋的碎屑食物网中可能起着很重要的作用。