一般地,风险评价被定义为一个科学过程,因此应该具有科学性.生物多样性公约下的生物安全议定书是遗传修饰生物体(GMOs)生物安全管理的唯一国际性法律文件,风险评价是生物安全议定书国际谈判的焦点之一.从科学角度来看,GMOs对生物多样性的影响主要包括但并不限于以下方面:①从GMOs到其野生近缘种或其他生物的基因流动;②通过食物链或耕作措施的改变对其他非靶标生物的影响;③对生物地球化学过程和营养循环的影响;④竞争优势以及同本土物种间相互作用;⑤害虫的抗性进化.由于GMOs的使用用途、释放的时空规模以及释放的环境不同,风险评价所需要考虑的因素可能会有不同.GMOs的风险评价遵循个案原则,并需要考虑所有必要的信息.不确定性是科学研究中的特点,需要在风险分析中考虑到科学分析和科学数据的不确定性.在风险评价时,需要选择一个合适的参照物对比分析GMOs的风险,非遗传修饰生物通常拿来作对照.在这里,实质等同性原则的可行性有限,已经不能满足基于科学事实的风险评价.在生物安全议定书框架下,已经建立了分五步走的风险评价路线图,以及五个针对不同议题的风险评价指南文件.基于风险评价的风险管理建议是风险评价的重要结果和产出,应该是风险评价有机整体的一部分.GMOs环境释放以后,风险监测就成为保证生物安全的重要手段.除了已经建立的指南文件,其他还有些议题也急需建立风险评价指南,例如遗传修饰作物在其相应受体植物起源中心的风险评价.遗传修饰作物和同种的传统受体作物的共存也是风险评价中需要考虑的问题,要考虑前者对后者的可能影响及其和谐共存.GMOs风险评价也需要考虑其他一些因素,如社会和经济因素、公众意识与参与以及责任与补偿等.