【摘 要】
：
大熊猫(Ailuropoda Melanoleura)基因组已经测序并组装(AilMel_1.0),随后Ensembl和NCBI分别先后发布了AilMel_1.0的注释结果.他们的注释主要依据已注释物种的同源对比,而这些对比的物种大部分与大熊猫的亲缘关系较远,这就可能造成不完全的注释.为了补充注释大熊猫基因组,我们利用大熊猫大熊猫三个组织共5个样本转录组资料,分别使用TopHat、Cufflink
【机 构】
：
四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610064 四川大学生命科学学院,
论文部分内容阅读
大熊猫(Ailuropoda Melanoleura)基因组已经测序并组装(AilMel_1.0),随后Ensembl和NCBI分别先后发布了AilMel_1.0的注释结果.他们的注释主要依据已注释物种的同源对比,而这些对比的物种大部分与大熊猫的亲缘关系较远,这就可能造成不完全的注释.为了补充注释大熊猫基因组,我们利用大熊猫大熊猫三个组织共5个样本转录组资料,分别使用TopHat、Cufflinks和Trinity完成对RNA-seq数据的初步组装,并结合从头预测和同源对比,重新注释大熊猫基因组.本研究共注释了23,887个基因,共计25,294个转录子,其中有3,382单外显子基因.在选择性剪接体方面,2.80％的基因有可变剪接亚型.在注释的转录子中,82.05％都包含起始、终止密码子,17.67％的转录子包含UTR区域,其中6.69％的转录子两端均含UTR.在证据源的支持上,47.37％的转录子被5个证据源支持,而被3种类型证据源支持的转录子也占了56,30％.被单个证据源支持的转录子仅占12.23％.在GO注释方面,AilMel ann共计注释16,664个转录子,共计112,720个条目.此外,将AilMel ann进一步与NCBI和Ensembl注释结果进行比较发现,大部分AilMel ann上注释基因结构与NCBI和Ensembl存在差异,其中最大差异来源于剪接形式上的差异.除此之外,AilMel ann注释了7,651个NCBI和Ensembl中未被注释的基因,其中4,962个基因在NCBI的NR库中存在相似序列.再将其余2,689个未被注释的基因与Pfam数据库进行比较,发现其中81个基因编码的蛋白质序列存在功能域,这部分基因可能是未被发现的新基因.
其他文献
采用登录互联网收集新闻报道、查阅报纸、科学文献、私人通讯和实地观察等方法，收集了亚洲钳嘴鹳(Anastomus oscitans)2010-2015年在中国西南地区的出现地点、停留时间、群体数量及栖息生境等数据。对其扩散原因、停留时间和停留地生境特征进行了分析。认为亚洲钳嘴鹳扩散进入中国西南地区，主要原因是其种群数量增长导致的自然扩散。观察结果表明：亚洲钳嘴鹳在向中国西南地区的扩散过程中，大面积的
通过对秦岭南坡凤县，太白，留坝，洋县，略阳，佛坪，城固县境内21样方118条样线雀形目鸟类调查，观察到雀形目鸟类13科28种.记录数量数量少于10只的鸟类有7种，占观察记录鸟类数的25.00％；10-100只的鸟类的有6种，占观察记录鸟类总数的21.43％；大于100只的鸟类有15种，占观察记录鸟类总数的53.57％.黄腹山雀、绿背山雀、红头长尾山雀和紫啸鸫观测到数量最少，各为一只，而且各种各自仅
为了解昆虫捕食特征与短柄枹栎(Quercus glandulifera)、锐齿槲栎(Quercus aliena)种子产量和种子大小的关系,本研究于2011和2012年在秦岭南坡佛坪国家自然保护区,对短柄袍栎和锐齿槲栎种群的种子产量和昆虫寄生特征进行了野外调查研究.结果表明：(1)两年中短柄袍栎、锐齿槲栎种子雨动态变化规律相似,201 1年短柄袍栎种子雨密度为142.63±25.25粒/m2,显著
以宁夏灵武白芨滩国家级自然保护区为实验区,选取了具有一定代表性的干旱荒漠草原区的9个样地,利用巴氏罐诱法于2012年4月-9月及2013年4月-9月,对保护区内地表甲虫物种组成及群落多样性进行了较为系统的调查研究。结果共捕获地表甲虫3,885号,隶属16科37属46种。以拟步甲科Tenebrionidae和步甲科Carabidae个体数量最多,为该地区的优势科；象甲科Curculionidae和鳃
球囊线蚓(Enchytraeus bulbosus)是西洋参的一种新害虫,特别是对西洋参催芽种子和幼苗具有严重危害.在室内对其实验种群繁殖潜势测定可以为其田间预测预报提供科学依据.本研究采用3个初始接种量(N0)分别在8个恒温(T)条件下培养一个世代,计算群体繁殖量(NG)和虫均繁殖量(PCR),纳入方差分析来研究其实验种群繁殖潜势.结果表明：No对NG的影响差异不显著,T对NG的影响差异显著.N
延安新区属陕北黄土高原丘陵沟壑地区，是目前国内湿陷性黄土地区"削山、填沟、造地、建城"规模最大的岩土工程之一，境内土层较深、温差大、海拔高，形成了具有独特性质的土壤.但由于缺乏详细调查而未能掌握土壤动物与新区生态评价结合的特点，影响了对延安新区生态系统健康的深入认识.通过对延安新区绿化林春季大型土壤动物群落结构及其多样性进行分析，为新区生态环境的恢复与重建及绿地的设计与布局提供理论依据.2014年
由于干旱缺水，新疆北部荒漠草地形成以饮水点为中心的定居放牧，导致水源圈大量出现.2014年5月底，以新疆木垒县天山北坡荒漠草地一个典型的牧场水源点为中心，采集了东南西北四个方向和六个采样距离(50m、100m、200m、400m、800m和1200m)的土样，分析了土壤含水率、电导率、pH值以及土壤有机碳、土壤全量和速效养分变化特征.结果表明，随着放牧强度的增加，土壤含水量没有明显变化，土壤电导率
以天山自然遗产地喀拉峻亚高山草甸为研究对象，于2014年7月底-8月初，研究了现有不同放牧利用方式，禁牧、限牧和放牧，对草地植物群落的影响，同时对土壤有机质、全量和速效养分进行了分析。结果表明：与放牧区相比，禁牧区物种总数、植被盖度和地上生物量显著提高，而α物种多样性水平则没有显著变化；限牧区草地不仅植物群落种类最为丰富、α物种多样性最高，植被盖度和地上生物量也与禁牧区接近。禁牧导致草地土壤养分含
Transcriptome profiles provide a practical and inexpensive alternative to explore genomic data, particularly in organisms that have no accurate genome data published.Tibetan macaque (Macaca thibetana)
The macaques, genus Macaca, represent one of the most successful primate radiations.With such a variety of range and species that differ in ecology and external morphology, macaques are considered as