"三湖"为太湖、巢湖和滇池,有富营养化、蓝藻爆发、生物系统退化和"湖泛"等生态环境问题,现均为全国蓝藻严重爆发湖泊,经治理取得阶段性效果。总结治理经验教训后提出"三湖"生态修复总体思路:生态修复须有一个总体顶层设计的、能达到目标的综合性方案;实现生物多样性包括削减过多蓝藻;削减蓝藻数量与治理富营养化相结合,蓝藻削减数量持续大于蓝藻自然增殖量,蓝藻爆发程度就持续减轻直至消除;生态修复应贯穿治理全过程;水生态系统的水体、底质和生物子系统需统一修复;修复生物子系统先要改善生境和合理搭配种植(放养)各类生物及适时调整各类生物结构;各类工程技术措施和相应保障措施科学结合。"三湖"生态修复措施要点:控源截污,为提高污水厂排放标准立法,治理好每一条入湖河道;进一步削减蓝藻数量;大规模修复以芦苇为主的湿地,清淤与抬高生态修复区基底结合;观景水域生态修复要满足观景要求;建设生态边坡;建设典型推进生态修复工程,如深度治理五里湖建成全国小型湖泊治理典范,草海建成清澈见底长满水草的洁净湖泊,巢湖西北部建成消除蓝藻爆发和景观水域的典范。