质谱以其快速、微量和信息丰富之特长,成为获取天然产物特别是中草药中各类成分化学结构信息的一个重要手段。为了更好实现质谱分析的快速、智能和实用化,一方面我们建立了一种基于开源和免费组件的小分子数据库解决方案My Mol DB。该解决方案支持化合物的亚结构检索、精确检索、相似度检索及组合检索这几种不同的检索方式,其性能表现在含有100万个化合物的大数据集上仍然令人满意。另一方面,在我们在对单糖、黄酮、二萜、三萜等各种类型天然化合物的特征串联质谱裂解规律及其解析方法进行归纳总结的基础上,首先设计出针对天然化合物的质谱智能解析模式(Au Mass),进而通过其程序的完善,包括与MyM ol DB检索系统的链接,以及相应数据库的构建和充实,建立了一种新型和实用的天然产物串联质谱智能解析方法(Smart Mass,图1)。该方法主要通过各类化合物骨架类型的确定、分子骨架周边基团的搜索以及其它信息(如分子量、分子式、生源、NMR分析等)对给出结构可信度的进一步确证等三个步骤对各种类型天然化合物进行质谱解析,初步实现了天然化合物的质谱快速识别和排查。这种以分子骨架特征裂解离子为基础,以取代基丢失信息为补充的串联质谱智能解析方法的应用,使串联质谱分析在多领域、多角度、多层次和多方面发挥出了更好的作用:作为鉴定手段较好地应用于药物成分的质谱快速识别和排查以及黄芪、月季花、丹参等中藏药材化学成分的表征及体内代谢和转化产物的分析;作为化学信息的探针应用于裸蒴、黄山药等我国中藏药材及特有属药用植物中特征和新颖天然化合物的靶向分离,提高了对结构新颖天然化合物发现的效率;作为化学计量指标在一定程度上满足了对羌活、蔷薇等高山植物化学生态学的探讨。