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为了评价白灵菇的分类地位,本文采用了内转录间隔区(ITS)序列分析和相关序列扩增多态性(SRAP)两种分子标记技术,系统分析包括我国白灵菇商业菌株和欧洲Pleurotusnebrodensis菌株在内的34株侧耳属菌株的DNA多态性。ITS序列分析结果显示,对ITS序列进行比对分析,结果显示全部供试菌株的ITS序列长度范围为534～589bp。从序列长度变异来看,ITS1区序列长度变化范围为184～255bp,稍大于ITS2区的180～200bp;5.8S序列相对保守,只有154bp和158bp两种长度。所有侧耳菌株无论是ITS1区还是ITS2区(G+C)%都比较低,ITS1平均为42.5%,ITS2平均为43.9%。基于ITS序列信息,构建了34株供试菌株的系统发育树,结果显示:白灵菇与Pleurotus nebrodensis具有很近的亲缘关系,Pleurotus nebrodensis菌株的多态性更丰富;多数Pleurotus eryngii菌株聚在一组;3株Pleurotus elaeoselini聚在一起;Pleurotus ferulae菌株没有独立聚为一组,供试菌株的ITS序列变异不仅表现在碱基的变异,也表现在区域长度的变异。用筛选出的7对扩增条带清晰、多态性丰富、稳定性好的引物组合对34株供试菌株进行SRAP扩增,共得到420条具有重复性的条带,且均为多态性条带,多态性比率为100%。每对引物的扩增效率不同,扩增条带数目为53～71条不等,平均每对引物扩增出60条条带,其中F1-R4扩增条带数最多,为71条条带。基于SRAP标记信息,构建了供试菌株的系统发育树,聚类分析结果与ITS基本一致,表明SRAP标记可以作为侧耳菌株分类和遗传多样性分析的有效技术手段。ITS序列分析和SRAP分子标记分析结果表明:白灵菇和Pleurotus nebrodensis具有很近的遗传关系,二者很可能为同一菌种;Pleurotus nebrodensis菌株的多态性较白灵菇菌株丰富,中国的白灵菇菌株的遗传背景较单一;供试的Pleurotus ferulae菌株不能聚在一组,各菌株之间遗传差异较大。ITS和SRAP两种标记联合使用可以作为侧耳菌株分类及遗传多样性研究的有效手段。