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在矿床勘探和研究中,判断成矿主体(主要控制因素)是相关地层,还是侵入体,对于勘探方向选择十分重要。层控钨锡矿出现于特定的层位中,包括:滇西地区的元古界老街子组、公羊河群,石炭系大硐厂组,始新统珠山群;滇东南中寒武统田蓬组、上泥盆统大厂组、中三叠统卡以头组等。层控钨锡矿最常见的赋矿岩石组合是玄武岩,而不是S型花岗岩。经花岗岩叠加后,在富钨锡层位及其上方,经加温再分配后,可形成受成矿温度控制的有高温钨-锡、中温铜-铅-锌、低温砷-锑-铋-汞的组合特征。变质核杂岩使含钨锡层位和型花岗岩抬升,易于发现和开采;隐伏花岗岩及其周围的钨锡-多金属矿依然十分重要。