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在哺乳动物的个体发育中,DNA甲基化谱式主要经历了两次大规模的重编程过程,一次是早期胚胎发育时期,另一次是配子发生过程。这两次重编程都涉及了基因组范围的主动去甲基化反应。相对于基因组范围内的大规模主动去甲基化,在体细胞中会发生局部的、高度位点特异性的主动去甲基化。但目前为止DNA主动去甲基化的分子机制并没有统一的认识。