水稻由于形态特性、生理特性、基因特性、生态特性、代谢特性的差异，形成了不同的品质，产量，抗性，营养，适应，栽培等品种特性。每个品种都伴随着不同的内生菌的生长，形成特定的水稻内生菌群落结构特征，不同的内生菌群落结构是水稻内生环境和环境条件自然选择的结果。反过来，不同的内生菌群落特征反映了水稻的特定品种特征。本研究选择野生稻、常规稻、杂交一代品种分析其群落结构差异及对汕优63不同部位进行内生细菌群落结构。结果表明野生稻、常规稻及杂交水稻植株内存在大量的内生细菌，共分离到29株内生细菌，29种分离物进行Sherlock MIS微生物全自动鉴定，相似度系数大于0.5的有27个细菌，隶属于11个种，5个属，分别为芽孢杆菌属(Bacillus) ,假单胞菌属(Pseudomonas)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、金杆菌属(Microbacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)。其中优势属为芽孢杆菌属(Bacillus)，同时以内生细菌为变量，以品种为样本进行主成分分析可以得到内生细菌可以聚为三类，与品种有关。