分布在黄河上游水系与柴达木水系的花斑裸鲤在分类学地位的研究上长期存在着分歧,用于分类的性状,下唇结构、下颌角质、背鳍刺和鳃耙等,虽存在较高多样性,但是受生态环境影响较大。本研究拟采用现代几何形态测量法并结合Micro CT扫描技术对两水系花斑裸鲤的形态进行了定量分析,探讨不同形态特征在裂腹鱼类中的分类学意义。结果显示:两水系花斑裸鲤形态上的细微差异表现为口的位置及头部形状上,但基于其形态轮廓二维坐标的PCA分析、判别分析和聚类分析均显示两水系花斑裸鲤的头部形态聚在一起,这与之前文献记载的两水系花斑裸鲤在形态上无差别相一致;基于Micro CT骨骼扫描结果显示,两水系花斑裸鲤在背鳍支鳍骨与椎骨间的相对位置关系上呈显著差异。综上所述,两水系花斑裸鲤头部特征上虽有细微差异,但未达到种级分化水平。而背鳍支鳍骨插入椎骨间的相对位置这一更具分类学意义的形态特征是否可作为裂腹鱼类的一个分类依据仍需进一步研究。研究为解决两水系花斑裸鲤长期存在的分类学争议奠定了形态学基础。