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本研究采用PCR-DGGE、克隆文库构建与分析、高通量测序等技术对不同发育阶段(12日龄、16日龄、18日龄、26日龄、40日龄、3月龄和1年龄)的大黄鱼肠道及相应时期的养殖水体和饲料中细菌群落结构及相互之间的关系进行了研究,研究结果表明:大黄鱼肠道、养殖水体和饲料三类不同性质的样品分别孕育了不同环境特异的细菌类群,同一类型样品的DGGE图谱大体上分别聚在一起,养殖水体中细菌多样性最高,其次是饲料样品,肠道样品中细菌多样性最低。不同发育阶段大黄鱼肠道细菌群落结构存在明显的差异,发育早期大黄鱼比1年龄大黄鱼肠道细菌多样性高,梭杆菌门(Fusobacteria)、α-变形杆菌纲(α-Proteobacteria)、和拟杆菌门(Bacterioidetes)为优势菌群,此外还含有较多量的厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌(Cyanobacteria)和?-变形菌纲(?-Proteobacteria)。大黄鱼养殖水体中细菌多样性非常丰富,?-变形菌纲(?-Proteobacteria)占据优势类群,约为67.9%,α-变形杆菌纲(α-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacterioidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)占次优势地位,另外还含有少量的δ--变形杆菌纲(δ-Proteobacteria)、ε-变形杆菌纲(ε-Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)绿屈挠菌门(Chloroflexi)。冰鲜杂鱼饲料样品中主要含有?-变形菌纲(?-Proteobacteria)、拟杆菌门黄杆菌纲(FLavobacteria)和梭杆菌纲(Fusobacteria)三大类群。本研究还利用Illumina高通量测序技术研究了12日龄和1年龄大黄鱼肠道细菌群落结构及多样性。高通量测序结果表明:两个不同发育时期大黄鱼(12日龄和1年龄)肠道细菌群落组成存在显著差异,12日龄鱼肠道细菌可划分为6个门、8个纲、47个属,该样品优势菌群为?-变形菌纲(?-Proteobacteria)、α-变形杆菌纲(α-Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacterioidetes)。1年龄鱼肠道细菌归类为8个门、11个纲和22个属,其中厚壁菌门(Firmicutes)的梭菌纲(Clostridia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)占据了优势地位。